鲸爆炸的原因主要是由于鲸死前吃了很多生物，这些东西在胃里腐化产生大量瓦斯般的气体，包含甲烷、硫化氢以及氨，鲸死后内部组织与器官腐败的速度越快，细菌扩散的速度也越快，身体的蛋白质分解，产生更多气体，增加腹部与肠道的压力，死亡的鲸因内部蓄积过多腐败气体而造成身躯爆裂。若处置不当，也极可能发生爆炸。

2004年台南抹香鲸爆炸事件后，据有关学者调查研究后表示，该鲸鱼发生爆炸的部位曾受过船只撞击，这是直接导致鲸在海滩边搁浅而死以及该部位承受不了体内腐败产生的气体压力从而产生爆炸。再者，鲸本身就是深海动物，需要抵抗深海的水压，所以身体里必须要有足够的气压才能抵消掉一部分压力，鲸鱼体内的压力不断上升，往往一触即发。同时，若解剖鲸不当也可能会引起爆炸，如果解剖时一次性割一个大口，空气一次性排出，使体内的器脏一下喷出来，将会产生爆炸。