胃食管反流病的病因主要是因为食管抗反流防御机制减弱和反流物对食管黏膜攻击作用的结果。

　　抗反流防御机制包括抗反流屏障，食管对反流物的清除及粘膜对反流攻击作用的抵抗力。抗反流屏障是指在食管和胃交接的解剖结构，包括食管下括约肌、膈肌角、膈食管韧带、食管与胃底间的锐角等，上述各部分的结构和功能上的缺陷均可造成胃食管反流，其中最主要的是食管下括约肌的功能状态。在食管抗反流防御机制下降的基础上，反流物刺激和损害食管黏膜，其受损程度与反流物的质和量有关，也与反流物与黏膜的接触时间部位有关。胃酸与胃蛋白酶是反流物中损害食管黏膜的主要成分。近年对胃食管反流病监测证明存在胆汁反流，其中的非结合胆盐和胰酶成为主要的攻击因子，损害食管黏膜而导致胃食管反流病。