三仙娘娘庙为纪念神女林默娘而建，三仙娘娘庙是蚕沙口天妃宫的俗称，当初也称“神女祠”。

林默娘生于宋建隆元年三月二十三日，福建省莆田县湄州岛人。聪明勇敢过人，能乘席渡海救难，被敬称为“龙女”、“神女”。福建商贾黄万金行船遇难，经神女救而不死，在蚕沙口修神女祠。相传用以鱼骨作梁，故称为“鱼骨庙”。林默娘羽化升天成神，护国平寇，普渡众生，功德无量，曾数次被历代帝王封为“天妃娘娘”。至明永乐二年，也就是公元1406年。蚕沙口鱼骨庙重修为“天妃宫”。

人们为了纪念天妃娘娘，在每年农历三月二十三日庙会期间，人们总要隆重庆贺一番。天妃娘娘在南方称妈祖娘娘。所修庙宇，称“妈祖庙”。因而，蚕沙口天妃宫也称“妈祖庙”。据传说，妈祖娘娘行三，俗称三仙娘娘、三香娘娘。