福崧即位於南京，改元弘光。这时江南总兵方国安推荐朱舜水，并奉了皇帝的诏命特别徵召他，他不就任。弘光元年正月，皇帝又下令徵召他，他仍不就任。四月，在荆国公方国安再次推荐下，朝廷任命他作江西提刑按察司副使兼兵部职方清吏司郎中，监方国安军，他还是不就任。在封建专制时代，违抗皇旨是有罪的。当时朝廷之中，交章弹劾他。

说他不遵朝廷之命，没有人君的礼节，声言要抓捕他。在这种情况下，朱舜水不得不星夜遁逃。恰好这时有左良玉的儿子左梦庚背叛朝廷，羽檄张皇，所以舜水才能免於逮捕。据朱舜水自己在《答源光国问先世缘由履历》一文中所讲，从四十五岁到五十八岁，通计徽召荐辟除拟，除亓院疏荐外，凡壹拾贰次，始终不受。”

朱舜水之所以屡次拒绝徵召，一方面是受其祖父和父亲不攀仕途家风的影响，另一方面则是对中国历史上正直的知识分子君于诚之为贵”优良传统的发扬。具体讲，就是继承了明末东林党和复社人士那种为了国家民族的命运。