《孤战》的结局是冷剑屏被抓了起来，李世杰自杀了，党卫国牺牲了，苏翻译被抓了起来，康子芹回到了延安，陈晓生下了一对儿女，丹丹也如愿以偿来到了抗日的大后方。

谢易夫拿到了丹丹的珠宝准备自己逃走，被康子芹和老赵拦住并且揭发了他，他为了自保以丹丹为要挟，在乱战中被多三击毙。老赵和康子芹在指定的地方等着提审出来的党卫国，但另一边苏翻译的言行引起了党卫国的怀疑，当康子芹他们赶到时，党卫国牺牲了。大岛说李世杰有通共的嫌疑，李世杰决定把康子芹骗出来交给日本人，而康子芹与他在电话中的一段诱导性谈话被共产党方面记录了下来。大岛前去抓捕李世杰，和康子芹通话的录音让李世杰哑口无言，冷剑屏正得意洋洋，但没想到那一天他与李世杰在郊外的谈话也被录了音，冷剑屏被抓了起来，李世杰自杀了。苏翻译和康子芹一起回到了延安，但延安方面早已知道苏翻译就是日本派来的间谍，立即把他抓了起来，他也坦白了一切。最终，陈晓在延安把这次孤战的经历写了下来，也在延安顺利生下孩子。