《代号》结局是冯九思想要蓝青瑶活下去，可是，蓝青瑶不愿意一个人去面对这样一个世界，她果敢地决定放弃自己的生命，去成全冯九思的使命，让他活着继续与日寇斗争。

冯九思、周孝存告别警务处众人，赶往秘密撤离点。众巡捕在宋远桥精神感召下，也与日军殊死一搏，全部壮烈牺牲。途中，了无牵挂的杨炳新为争取时间拖住敌人，向冯九思等人告别。不幸中弹的周孝存终因体力不支不能前行。他告诉冯九思，码头有船，接头暗号：平安无事。冯素梅也将重要战略图交给冯九思，并将四爷的职责交给了他。周孝存夫妇在铁桥上互诉衷肠。临近码头，蓝青瑶不惜用自己的生命给九思换来狙击敌人的最后机会。冯九思带着姐姐交付的任务和未完的事业，乘船前往敌后根据地。最终，经历一切的冯九思成长为坚定的共产主义战士，以代号逗四爷地奋战在看不见硝烟的战场。