南非穿山甲眼睛大约黄豆大小，体长34-61厘米，尾长31-50厘米，重量7-18千克。体形狭长，全身有鳞甲，四肢粗短，尾扁平而长，背面略隆起。

南非穿山甲全身鳞甲如瓦状。自额顶部至背、四肢外侧、尾背腹面都有。鳞甲从背脊中央向两侧排列，呈纵列状。鳞片呈黑褐色。鳞有三种形状：背鳞成阔的菱形，鳞基有纵纹，边缘光滑。纵纹条数不一，随鳞片大小而定。腹侧、前肢近腹部内侧和后肢鳞片成盾状，中央有龙骨状突起，鳞基也有纵纹，尾侧鳞成折合状，鳞片之间杂有硬毛。两颊、眼、耳以及颈腹部、四肢外侧、尾基都生有长的白色和棕黄色稀疏的硬毛，绒毛极少。成体两相邻鳞片基部毛相合，似成束状。雌体有乳头1对。