1、营养成分区别：水溶肥是这完全溶于水的复合肥，形态有固体、液体，养分含量为大量元素、中量元素和微量元素，市场上常见的是氨基酸和腐植酸等水溶肥。水溶肥不仅种类多样，而且配比也是多样，比如氮磷钾配比均衡的平衡型肥料、高氮肥、高钾肥和高磷肥等。而传统的复合肥它的元素含量就比较单一，包含两种或两种以上的营养成分，主要成分未氮磷钾，配方和营养都比较单一。

2、方法用量区别：水溶肥使用范围比较广，几乎在我国各个地区都能使用，施肥的方法也主要分为叶面喷施、膜下滴灌、根部冲施，可以针对不同的地区的环境土地选择最佳的施肥方法。而复合肥就不一样，它的施用方法比较单一，大多是土壤施肥，也可以溶于水中进行叶面喷施。水溶肥的用量一般比较少，如果是冲施施用的话，一般每亩5公斤左右即可，而复合肥每亩最少要40公斤左右。

3、作用区别：水溶肥主要是作为追肥施用，和传统的追肥不同，它是速效型肥料，作物对它的吸收比较快，在施用后持续的习惯也比较短，仅仅适合作为在需肥高峰期施用。而复合肥大多是作为底肥施用，它的肥效比较长，能为作物持续提供肥力。水溶肥的吸收利用率极高，根据实验证明，只要施用方法得到，一般吸收利用率在90%以上，而复合肥的吸收利用率最多在60%左右。