棋魂的主要人物有进藤光，藤原佐为，塔矢亮。

进藤光：主角，在爷爷家的仓库里，发现了一个古老的围棋棋盘，当小光拿起棋盘时，出现了一平安时代的天才棋士佐为。进藤光遇到佐为后，开始下围棋，并认识了塔矢亮，受他对围棋的真挚态度所影响，立志誓要超越他，以当专业棋士为目标。

藤原佐为：平安时代，佐为曾担任天皇的围棋导师，遭奸人作弊所陷害，含冤投水自尽，遗恨极深，灵魂无法成佛，并寄宿在棋盘之中。到了江户时代，降临至今仍有最强棋士之称的本因坊秀策身上，140年之后，再次遇到能看见自己的进藤光，带领进藤光走进追求神乎其技的道路。

塔矢亮：塔矢名人的儿子，跟进藤光同年龄，在围棋界，是天才棋士。亮是生长在有教养的家庭里的优等生，心里有着一股挚热的围棋斗志，以专业的棋士为期许，并迈向新的围棋里程碑。