1、军机处职能原为承名拟旨，参与军务，后逐渐演变为全国政令的策源地和行政中心，其地位远远高于作为国家行政中枢的内阁。

2、军机处职掌着每日晋见皇帝，共商处理军国大事，并奉旨对各部门各地方负责官员发布指示的重要使命。

3、根据内阁制度，下属官员有事题奏，或皇帝颁发诏旨，都是经过层层机构，辗转交送。军机处则不然，一切均由大臣和章京通同办理，皇帝有谕，随时奉诏承办，而且必须当日事当日毕。

4、军机处实行了严格的归档保密规定，还设有专门的档案房，有专职的保密人员管理档案，为后代留下了许多难得的珍贵史料。

5、集权专制，军机处行走大臣也只是跪受笔录并无实际权力。