二手房土地使用权证的办理程序是：

1、买方办好不动产权证后，还要和原土地证使用者签订土地过户合同；

2、购房者在等候测绘公司受理后，还需要带着上述材料去现场进行查勘，并且计算数据以及出具新的测绘图；

3、带着材料到评估公司申请评估；

4、带着材料到土管部门受理窗口申请过户；

5、土管部门工作人员受理后审批，符合规定者缴纳相关税费，出具新的土地证。

【法律依据】

根据《土地管理法实施条例》第三条，国家依法实行土地登记发证制度。

依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。