1、明日方舟的游戏观中，玩家扮演的罗德岛博士因不知名原因失忆，在少女阿米娅的帮助下与诸多干员一起抵抗激进组织整合运动，探索治疗源石病的方法。

　　2、序章的剧情是阿米娅带领罗德岛的干员进入天灾将临的切尔诺伯格援救博士，结果遇到整合运动在切城掀起暴乱，博士指挥罗德岛众人突破包围，最后干员ACE牺牲殿后，罗德岛一行突破了整合运动的围剿。

　　3、第二章后的剧情是罗德岛前往移动城市龙门商讨合作事宜，在这里遇到了龙门近卫局的陈。罗德岛发现整合运动已经渗透进了龙门，罗德岛为了追查一名关键人物的下落，在龙门外围狭窄的地形与整合运动展开了追逐战。罗德岛抢先找到了关键人物：米莎，她的父亲是切尔诺伯格的重要人物之一，但最后被整合运动埋伏冲散了队伍，米莎被整合运动劫持。

　　4、然后为了让罗德岛的势力溃散，整合运动的碎骨试图埋伏击杀博士，但阿米娅及时爆发保护了博士，碎身受重伤，米莎终于袒露了实情。碎骨是米莎弟弟，年幼时患上源石病被带走，最后切城暴乱米莎一家都毁于整合运动，米莎自己也成为了源石病患者，第三章的最后米莎决定站在整合势力这边，与罗德岛和龙门为敌。

　　5、第四章的最后，整合运动的W将罗德岛和龙门近卫局诱进了陷阱，虽然最后罗德岛成功逃出，但是浮士德和弑君者已经破坏了龙门的一处防御，整合运动即将攻入龙门。