日本以温带和亚热带季风气候为主，夏季炎热多雨，冬季寒冷干燥，四季分明。全国横跨纬度达25°，南北气温差异十分显著。
日本是世界上降水量较多的地区。主要原因包括了日本海侧地区冬季的降雪；6月、7月（冲绳、奄美为5月、6月）间连绵不断的梅雨；以及夏季到秋季登陆或接近日本的台风。日本有记载的最高温度纪录是40.9摄氏度，于2007年8月16日在崎玉县熊谷市和岐阜县多治见市测得；有记载的最低温度纪录是零下41摄氏度，于1902年1月25日在北海道旭川市测得。
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